یکی از مهم‌ترین ویژگی‌های شخصیتی و فکری شهید آیت‌الله سیدمحمدباقر صدر، انس عمیق و مداوم او با مطالعه و تفکر بوده است. گفته‌اند که او توانایی این را داشت که ساعت‌های طولانی مطالعه و فکر کند بدون اینکه احساس خستگی کند. بر اساس بعضی از نقل‌قول‌ها، در کودکی در منزل پدری اتاقکی بسیار کوچک برای مطالعه و تفکر داشت؛ فضایی تنگ با سقفی کوتاه که به‌گونه‌ای طراحی شده بود که هنگام ایستادن، سر او به سقف برخورد می‌کرد. این اتاقک که میان همکف و طبقه اول قرار داشت، محل ساعت‌ها نشستن، فکر کردن و مطالعه شهید صدر بود.
صرفاً حجم مطالعه او مهم نیست، بلکه پیوند عمیقش با «فکر کردن» مهم است. شهید صدر نه‌تنها مطالعه می‌کرد و می‌نوشت، بلکه بیشتر از اینکه صرفاً خواننده باشد، اندیشمند بود. او با افکار خودش زندگی می‌کرد و این نوع زندگی، بخش جدایی‌ناپذیر از شخصیت او محسوب می‌شد. خودش دراین‌باره گفته است که همیشه در حال فکر کردن بوده است؛ با فکر می‌خوابید، وقتی از خواب بیدار می‌شد فکرش را از همان‌جایی که به‌خاطر خواب متوقف شده بود دوباره ادامه می‌داد؛ یعنی تفکر برای شهید صدر یک فعالیت مقطعی نبود، بلکه شیوه زندگی‌اش محسوب می‌شد.
نکته مهم دیگر در روش فکری شهید صدر، زندگی‌اش با «سؤال» است. او با پرسش‌های خود زندگی می‌کرد و مطالعاتش نیز همواره درباره مسائل واقعی و نیازهای زمانه بود. آثار او نشان می‌دهد که کتاب‌ها و نوشته‌هایش در پاسخ به پرسش‌های عینی و واقعی جامعه و مسائل فکری دوران خودش شکل گرفته‌اند.
جایگاه «تفکر» در جنبه علمی زندگی او اهمیت ویژه‌ای داشت. حتی در دوران تحصیل و حضور در کلاس‌های درس، روشش صرفاً ثبت‌وضبط مطالب استادش نبود؛ بلکه شهید صدر هر آنچه را مطالعه می‌کرد یا می‌شنید، «فرآوری» می‌کرد؛ یعنی تفکر و برداشت و تحلیل خودش را به آن اضافه می‌کرد. می‌توانیم او را به زنبور عسلی تشبیه کنیم که از هر گلی، عصاره‌ای برمی‌دارد و آن را به عسل تبدیل می‌کند. او توانایی تبدیل این را داشت که اطلاعات خام را به اندیشه‌ای خلاق تبدیل کند.

بر اساس روایت‌ها و آنچه از زندگی این شهید گفته شده، او از دوران کودکی شخصیتی درون‌گرا، گوشه‌گیر و به‌شدت اهل مطالعه و تفکر داشته است. در خاطرات و منابع موجود، نشانه‌ای از علاقه او به بازی‌ها و فعالیت‌های مرسوم کودکان یا حضور پررنگ در جمع‌های اجتماعی دیده نمی‌شود. شاید این مسئله به‌خاطر این دلایل باشد که شهید صدر در سن بسیار کم، حدود سه ‌سالگی، پدر خود را از دست می‌دهد و از همان زمان شرایط زندگی‌اش خاص و متفاوت می‌شود. این از دست دادن زودهنگام پدر و زندگی متفاوت، در کنار علاقه عمیقش به مطالعه، نوشتن و تفکر، باعث شد شخصیتش گوشه‌گیر شود و بیشتر دوست داشته باشد با خودش و افکارش تنها باشد.
در محیط خانه نیز بیشترین ارتباط شهید صدر با خواهرش بود؛ ارتباطی که عمدتاً به آموزش و تدریس محدود می‌شد. به‌طور کل، محور اصلی زندگی شهید صدر، از سال‌های ابتدایی زندگی تا دوران رسیدن به جایگاه‌های بالای علمی، مطالعه، درس، تفکر و حضور مستمرش در فضای کتاب و بحث‌های علمی بوده است؛ مسیری که او را از الگوی رایج زندگی اجتماعی طلّاب و جوانان هم‌دوره‌اش متفاوت می‌کرد.

می‌توانیم این رفتار شهید صدر را از چند زاویه معنا کنیم: از یک طرف، علم برای او صرفاً یک علاقه یا فعالیت جانبی و متفرقه نبود؛ علم، حرفه و زیست روزمره‌اش بود. طبیعی است انسانی که عمر خود را صرف تَتَبُّع (تحقیق و جست‌وجو)، اندیشیدن و نوشتن می‌کند، به نتیجه و خروجی این مسیر یعنی کتاب‌ها و آثار مکتوبش تعلق (دلبستگی) عاطفی داشته باشد؛ دلبستگی‌ای شبیه رابطه پدر با فرزندان.
از طرف دیگر، نام‌گذاری فرزندان به نام کتاب‌ها را می‌توان تلاشی آگاهانه برای پیوند زدن خانواده با دنیای علم دانست؛ انگار او می‌خواسته این انس و دلبستگی به دانش، کتاب و تفکر از همان ابتدا در زندگی فرزندانش نیز قرار بگیرد. این رفتار به‌ویژه درباره دختران، می‌تواند پیامی روشن داشته باشد: ارتقای شأن و منزلت و جایگاه آن‌ها در پیوند با علم و اندیشه. فرزندان در چنین فضایی به‌راحتی می‌فهمیدند که کتاب‌ها برای پدرشان چه جایگاهی دارند، اما در عین حال می‌دیدند که این دلبستگی به علم به‌معنای فاصله گرفتن از خانواده نیست.

در مقطعی پس از درگذشت برادرش، او امامت جماعت مسجدی را بر عهده می‌گیرد؛ تصمیمی که با انتقاد برخی اطرافیان مواجه می‌شود و آن را اتلاف وقت و ناسازگار با شأن علمی‌اش می‌دانند؛ بااین‌حال، شهید صدر آگاهانه این مسیر را انتخاب می‌کند. پس از نماز، نوجوانان بسیاری گرد او جمع می‌شدند و گفت‌وگوها تا پاسی از شب ادامه می‌یافت. او با صبر و رویِ گشاده، پرسش‌ها را می‌شنید و پاسخ می‌داد.
شهید صدر در دوران نوجوانی و طلبگی هم جزو افرادی بود که در فضایی که سؤال پرسیدن چندان رایج نبود، پیوسته سؤال می‌پرسید. او بارها تأکید می‌کرد که با مسئله‌ها زندگی می‌کند؛ با کتاب، اندیشه و سؤال هم‌نشین است، چه هنگام قدم زدن در خیابان، چه بر سر سفره و حتی در گفت‌وگوی روزمره با یک کاسب. از نظر او، مطالعه شرط لازم بود، اما کافی نبود. باور داشت اگر انسان فقط به خواندن اکتفا کند، در چارچوب افکار دیگران محدود می‌ماند. نوآوری زمانی شکل می‌گیرد که خواندن با اندیشیدن همراه شود؛ اینکه بیش از آنچه می‌خوانیم، فکر کنیم و درباره آنچه می‌شنویم، پرسش داشته باشیم. حتی به شاگردانش توصیه می‌کرد از لحظه‌های به‌ظاهر عادی زندگی مثل راه رفتن، برای اندیشیدن استفاده کنند؛ بنابراین، اگر شهید صدر امروز با نوجوانان سخن می‌گفت، بعید است توصیه‌ای پیچیده یا دستوری می‌داد. احتمالاً نخستین پیام او همان چیزی بود که خودش با آن زندگی کرد.